Cơ cấu của nó gồm có khoảng 60 viên chức chỉ huy cao cấp, trong đó 48 người thuộc phái Bolshevik, một số thuộc nhóm cực tả của phái cách mạng xã hội, còn lại là những người theo phái vô chính phủ. Trên nguyên tắc PRMC hoạt động dưới quyền lãnh đạo của Aleksandr Lazimir, một người thuộc phái cách mạng xã hội. Ngoài ra có bốn người phó làm việc phụ tá cho Lazimir trong đó có Aleksandr Antonov – Ovseenko và Dzezhinsky. Cách thức truyển tải các mệnh lệnh từ PRMC cũng cực kỳ nhanh chóng và hiệu quả. Nó được thực hiện thông qua mạng lưới trung gian gồm khoảng gần một ngàn uỷ viên. Những uỷ viên này hoạt động trong mọi lĩnh vực của cuộc sống – như trong các đơn vị quân đội, các soviet, các tổ chức cộng đồng, và các đơn vị quản lý chính quyền. Những người này chỉ phải chịu trách nhiệm trước PRMC, do đó họ thường ra những quyết định độc lập với trung ương Đảng Bolshevik.